Δωρεάν Βιβλιοθήκη Python για Κυκλικές Οπτικοποιήσεις

Ξεκινώντας με το pyCirclize

Ο προτεινόμενος τρόπος εγκατάστασης της βιβλιοθήκης pyCirclize είναι μέσω του PyPI. Παρακαλώ χρησιμοποιήστε την παρακάτω εντολή για ομαλή εγκατάσταση.

pip install pycirclize

Install conda-forge package 

Δημιουργία διαγραμμάτων Chord μέσω Python

Τα διαγράμματα χορδών είναι ιδανικά για την οπτικοποίηση σχέσεων μεταξύ οντοτήτων. Η ανοιχτού κώδικα βιβλιοθήκη pyCirclize επιτρέπει στους προγραμματιστές λογισμικού να δημιουργούν διαγράμματα χορδών με προσαρμόσιμα χρώματα, ετικέτες και στυλ συνδέσμων μέσα σε εφαρμογές Python. Το παρακάτω παράδειγμα δείχνει πώς να δημιουργήσετε ένα διάγραμμα χορδών που εμφανίζει τις σχέσεις μεταξύ των οντοτήτων A, B, C και D χρησιμοποιώντας εντολές Python.

from pycirclize import Circos
import matplotlib.pyplot as plt

# Define relationships
relationships = [
    ("A", "B", 5),
    ("A", "C", 3),
    ("B", "C", 2),
    ("C", "D", 7),
    ("D", "A", 4),
]

# Create Circos instance
circos = Circos(sectors=["A", "B", "C", "D"])

# Add chords
for source, target, value in relationships:
    circos.link((source, 0, 1), (target, 0, 1), color="skyblue", direction=1, ec="black", lw=1)

# Plot
circos.plot()
plt.show()

Υποστήριξη κυκλικών χάρτων θερμότητας

Οι κυκλικές χάρτες θερμότητας είναι ένας εξαιρετικός τρόπος για την αναπαράσταση δεδομένων σε ακτινική διάταξη. Οι προγραμματιστές λογισμικού μπορούν να τα χρησιμοποιήσουν για να εμφανίσουν πίνακες ή ιεραρχικά δεδομένα μέσα στις δικές τους εφαρμογές. Το παρακάτω παράδειγμα κώδικα δημιουργεί έναν κυκλικό χάρτη θερμότητας χρησιμοποιώντας τυχαία δεδομένα. Μπορείτε να το επεκτείνετε για να δημιουργήσετε μια εφαρμογή που επιτρέπει στους χρήστες να ανεβάζουν τα δικά τους σύνολα δεδομένων και να προσαρμόζουν τον χάρτη θερμότητας.

import numpy as np
from pycirclize import Circos

# Generate random data
np.random.seed(42)
data = np.random.rand(10, 10)

# Create Circos instance
circos = Circos(sectors=np.arange(10))

# Add heatmap
circos.heatmap(data, cmap="viridis")

# Plot
circos.plot()
plt.show()

Δημιουργία κυκλικών γραφημάτων ράβδων

Τα κυκλικά ραβδόγραμμα είναι ιδανικά για την οπτικοποίηση κατηγορικών δεδομένων σε κυκλική μορφή. Είναι εξαιρετικά προσαρμόσιμα και μπορούν να περιλαμβάνουν σημειώσεις. Η ανοιχτού κώδικα βιβλιοθήκη pyCirclize διευκολύνει τους προγραμματιστές λογισμικού να δημιουργούν και να διαχειρίζονται κυκλικά ραβδόγραμμα μέσα σε εφαρμογές Python. Το παρακάτω παράδειγμα κώδικα δημιουργεί ένα κυκλικό ραβδόγραμμα που εμφανίζει τιμές για διαφορετικές κατηγορίες. Μπορείτε να το ενσωματώσετε σε μια εφαρμογή για εξερεύνηση δεδομένων και αναφορά.

import numpy as np
from pycirclize import Circos

# Generate random data
np.random.seed(42)
data = np.random.rand(10, 10)

# Create Circos instance
circos = Circos(sectors=np.arange(10))

# Add heatmap
circos.heatmap(data, cmap="viridis")

# Plot
circos.plot()
plt.show()

Οπτικοποίηση γενετικών δεδομένων

Η ανοιχτού κώδικα βιβλιοθήκη pyCirclize είναι ιδιαίτερα χρήσιμη για την οπτικοποίηση γενετικών δεδομένων μέσα σε εφαρμογές Python. Παρέχει εξειδικευμένα εργαλεία για την οπτικοποίηση γενετικών δεδομένων, όπως χάρτες χρωμοσωμάτων, ίχνη γονιδίων και διαγράμματα συνενότητας. Ακολουθεί ένα χρήσιμο παράδειγμα κώδικα που επιτρέπει στους προγραμματιστές να δημιουργήσουν κυκλικό διάγραμμα που αντιπροσωπεύει τα χρωμοσώματα με τα αντίστοιχα μεγέθη τους.

from pycirclize import Circos

# Define chromosome sizes
genome = {
    "Chr1": 200,
    "Chr2": 150,
    "Chr3": 100,
}

# Create Circos instance
circos = Circos(sectors=genome)

# Add chromosome tracks
for sector in circos.sectors:
    sector.text(f"{sector.name}", size=15)
    sector.xticks_by_interval(50, label_size=10)

# Plot
circos.plot()
plt.show()