کتابخانه رایگان پایتون برای تجسم‌های دایره‌ای

شروع کار با pyCirclize

روش پیشنهادی برای نصب کتابخانه pyCirclize استفاده از PyPI است. لطفاً برای نصب روان، دستور زیر را اجرا کنید.

pip install pycirclize

Install conda-forge package 

ایجاد نمودارهای چورد با پایتون

نمودارهای چورد برای تجسم روابط بین موجودیت‌ها ایده‌آل هستند. کتابخانه منبع باز pyCirclize به توسعه‌دهندگان نرم‌افزار امکان می‌دهد تا نمودارهای چورد را با رنگ‌ها، برچسب‌ها و سبک‌های لینک قابل تنظیم در برنامه‌های پایتون ایجاد کنند. مثال زیر نشان می‌دهد چگونه با استفاده از دستورات پایتون یک نمودار چورد ایجاد کنیم که روابط بین موجودیت‌های A، B، C و D را نشان می‌دهد.

from pycirclize import Circos
import matplotlib.pyplot as plt

# Define relationships
relationships = [
    ("A", "B", 5),
    ("A", "C", 3),
    ("B", "C", 2),
    ("C", "D", 7),
    ("D", "A", 4),
]

# Create Circos instance
circos = Circos(sectors=["A", "B", "C", "D"])

# Add chords
for source, target, value in relationships:
    circos.link((source, 0, 1), (target, 0, 1), color="skyblue", direction=1, ec="black", lw=1)

# Plot
circos.plot()
plt.show()

پشتیبانی از نقشه‌های حرارتی دایره‌ای

نقشه‌های حرارتی دایره‌ای روش بسیار خوبی برای نمایش داده‌ها در قالب شعاعی هستند. توسعه‌دهندگان نرم‌افزار می‌توانند از آن‌ها برای نمایش ماتریس‌ها یا داده‌های سلسله‌مراتبی در برنامه‌های خود استفاده کنند. مثال کد زیر یک نقشه حرارتی دایره‌ای را با استفاده از داده‌های تصادفی تولید می‌کند. می‌توانید این را گسترش دهید تا برنامه‌ای بسازید که به کاربران اجازه دهد مجموعه داده‌های خود را بارگذاری کرده و نقشه حرارتی را سفارشی کنند.

import numpy as np
from pycirclize import Circos

# Generate random data
np.random.seed(42)
data = np.random.rand(10, 10)

# Create Circos instance
circos = Circos(sectors=np.arange(10))

# Add heatmap
circos.heatmap(data, cmap="viridis")

# Plot
circos.plot()
plt.show()

ایجاد نمودارهای میله‌ای دایره‌ای

نمودارهای میله‌ای دایره‌ای برای تجسم داده‌های دسته‌ای در قالب دایره‌ای ایده‌آل هستند. آن‌ها به‌صورت گسترده‌ای قابل تنظیم بوده و می‌توانند حاوی حاشیه‌نویسی باشند. کتابخانه منبع باز pyCirclize ایجاد و مدیریت نمودارهای میله‌ای دایره‌ای را در برنامه‌های پایتون برای توسعه‌دهندگان نرم‌افزار آسان می‌کند. مثال کد زیر یک نمودار میله‌ای دایره‌ای ایجاد می‌کند که مقادیر دسته‌های مختلف را نشان می‌دهد. می‌توانید این را در برنامه‌ای برای کاوش داده‌ها و گزارش‌گیری ادغام کنید.

import numpy as np
from pycirclize import Circos

# Generate random data
np.random.seed(42)
data = np.random.rand(10, 10)

# Create Circos instance
circos = Circos(sectors=np.arange(10))

# Add heatmap
circos.heatmap(data, cmap="viridis")

# Plot
circos.plot()
plt.show()

تصویرسازی داده‌های ژنومیک

کتابخانه منبع باز pyCirclize به‌ویژه برای تجسم داده‌های ژنومی در برنامه‌های پایتون مفید است. این کتابخانه ابزارهای تخصصی برای تجسم داده‌های ژنومی، مانند نقشه‌های کروموزوم، مسیرهای ژن و نمودارهای سیننتی فراهم می‌کند. در اینجا یک مثال کد مفید آورده شده است که به توسعه‌دهندگان امکان ایجاد نمودار دایره‌ای نمایانگر کروموزوم‌ها با اندازه‌های مربوطه را می‌دهد.

from pycirclize import Circos

# Define chromosome sizes
genome = {
    "Chr1": 200,
    "Chr2": 150,
    "Chr3": 100,
}

# Create Circos instance
circos = Circos(sectors=genome)

# Add chromosome tracks
for sector in circos.sectors:
    sector.text(f"{sector.name}", size=15)
    sector.xticks_by_interval(50, label_size=10)

# Plot
circos.plot()
plt.show()