1. מוצרים
  2.   תרשים
  3.   Python
  4.   pyCirclize
 
  

ספריית פייתון חינמית לויזואליזציות מעגליות

ספריית פייתון קוד פתוח ליצירת ויזואליזציה מעגלית. הספרייה מאפשרת ליצור דיאגרמות קוורד, מפות חום מעגליות, גרפי עמודות מעגליים, תרשים רדאר ועוד רבים.

בעולם המתפתח ללא הרף של ויזואליזציית נתונים, מפתחים מחפשים באופן קבוע כלים המשלבים גמישות, קלות שימוש ותכונות חזקות. ספריית pyCirclize היא אחת מהכלים הפתוחים של פייתון המאפשרת למפתחים ליצור ויזואליזציות מעגליות מרהיבות במאמץ מינימלי. הספרייה נועדה ליצירה וניהול תכנותיים של ויזואליזציות מעגליות. בהשראת חבילת R בשם circlize, היא מאפשרת למפתחים לעצב גרפים מעגליים מרהיבים ליישומי גנומיקה, ביולוגיה וויזואליזציית נתונים. הספרייה מציעה API אינטואיטיבי להצגת מסלולים, מפות חום, קישורים ועוד, מה שהופך אותה לכלי בעל ערך עבור מפתחי תוכנה המעוניינים לשלב דיאגרמות מעגליות באפליקציות שלהם.

ספריית pyCirclize נבנתה על גבי Matplotlib, מה שהופך אותה להתאמה אישית גבוהה ותואמת לכלי ויזואליזציה אחרים של פייתון. הנה כמה מהתכונות הבולטות שהופכות את pyCirclize לכלי חזק למפתחים, היא מציגה יחסים בין ישויות עם קישורים וצבעים שניתנים להתאמה, מייצגת מטריצות או נתונים היררכיים בפריסה רדיאלית, מציגה נתונים קטגוריים בפורמט מעגלי עם הסברים, יוצרת מפות כרומוזומים, מסילות גנים, וגרפים של סינתניה, בנויה על Matplotlib, מאפשרת למפתחים להתאים כל היבט של הוויזואליזציה, לשלב בצורה חלקה עם ספריות ומסגרות פייתון אחרות וכן הלאה. מפתחים יכולים לשלב את pyCirclize עם מסגרות אינטראקטיביות כמו Dash או Streamlit כדי ליצור אפליקציות מבוססות אינטרנט וכן לייעל ביצועים על ידי עיבוד קבוצות נתונים גדולות ביעילות לפני הוויזואליזציה.

Previous Next

התחלה עם pyCirclize

הדרך המומלצת להתקנת ספריית pyCirclize היא באמצעות PyPI. אנא השתמשו בפקודה הבאה להתקנה חלקה.

התקן את ספריית pyCirclize דרך PyPI

pip install pycirclize

התקן את ספריית Py2pUML באמצעות conda-forge

Install conda-forge package

צור דיאגרמות קוֹרד באמצעות פייתון

דיאגרמות קוֹרד הן אידיאליות להצגת יחסים בין ישויות. ספריית הקוד הפתוח pyCirclize מאפשרת למפתחי תוכנה ליצור דיאגרמות קוֹרד עם צבעים, תוויות וסגנונות קישורים שניתנים להתאמה בתוך יישומי פייתון. הדוגמה הבאה מדגימה כיצד ליצור דיאגרמת קוֹרד המציגה יחסים בין הישויות A, B, C, ו‑D באמצעות פקודות פייתון.

איך ליצור דיאגרמת קוֹרד בתוך אפליקציות פייתון?

from pycirclize import Circos
import matplotlib.pyplot as plt

# Define relationships
relationships = [
    ("A", "B", 5),
    ("A", "C", 3),
    ("B", "C", 2),
    ("C", "D", 7),
    ("D", "A", 4),
]

# Create Circos instance
circos = Circos(sectors=["A", "B", "C", "D"])

# Add chords
for source, target, value in relationships:
    circos.link((source, 0, 1), (target, 0, 1), color="skyblue", direction=1, ec="black", lw=1)

# Plot
circos.plot()
plt.show()

תמיכה במפות חום מעגליות

מפות חום מעגליות הן דרך מצוינת לייצג נתונים בפריסה רדיאלית. מפתחי תוכנה יכולים להשתמש בהן להצגת מטריצות או נתונים היררכיים בתוך היישומים שלהם. קטע הקוד הבא יוצר מפת חום מעגלית באמצעות נתונים אקראיים. ניתן להרחיב זאת ליצירת אפליקציה המאפשרת למשתמשים להעלות את מערכי הנתונים שלהם ולהתאים את מפת החום.

איך ליצור מפה חום מעגלית באמצעות ספריית פייתון?

import numpy as np
from pycirclize import Circos

# Generate random data
np.random.seed(42)
data = np.random.rand(10, 10)

# Create Circos instance
circos = Circos(sectors=np.arange(10))

# Add heatmap
circos.heatmap(data, cmap="viridis")

# Plot
circos.plot()
plt.show()

יצירת גרפים של עמודות מעגליות

תרשימי עמודות מעגליים הם מושלמים להצגת נתונים קטגוריים בפורמט מעגלי. הם ניתנים להתאמה גבוהה ויכולים לכלול אנוטציות. ספריית הקוד הפתוח pyCirclize מקלה על מפתחי תוכנה ליצור ולנהל תרשימי עמודות מעגליים בתוך יישומי פייתון. קטע הקוד הבא יוצר תרשים עמודות מעגלי המציג ערכים עבור קטגוריות שונות. ניתן לשלב זאת באפליקציה לחקירת נתונים ודיווח.

איך ליצור גרף עמודות מעגלי באמצעות ספריית פייתון?

import numpy as np
from pycirclize import Circos

# Generate random data
np.random.seed(42)
data = np.random.rand(10, 10)

# Create Circos instance
circos = Circos(sectors=np.arange(10))

# Add heatmap
circos.heatmap(data, cmap="viridis")

# Plot
circos.plot()
plt.show()

הדמיית נתוני גנומיקה

ספריית הקוד הפתוח pyCirclize שימושית במיוחד להצגת נתוני גנומיקה בתוך יישומי Python. היא מספקת כלי ייחודיים להצגת נתוני גנומיקה, כגון מפות כרומוזומים, מסלולי גנים, וגרפים של סינתניה. הנה דוגמת קוד מועילה המאפשרת למפתחים ליצור גרף מעגלי המייצג כרומוזומים עם הגדלים שלהם.

איך ליצור גרף מעגלי המייצג כרומוזומים באמצעות פייתון?

from pycirclize import Circos

# Define chromosome sizes
genome = {
    "Chr1": 200,
    "Chr2": 150,
    "Chr3": 100,
}

# Create Circos instance
circos = Circos(sectors=genome)

# Add chromosome tracks
for sector in circos.sectors:
    sector.text(f"{sector.name}", size=15)
    sector.xticks_by_interval(50, label_size=10)

# Plot
circos.plot()
plt.show()
 עִברִית