Thư viện Python miễn phí cho trực quan hoá vòng tròn

Bắt đầu với pyCirclize

Cách khuyến nghị để cài đặt thư viện pyCirclize là sử dụng PyPI. Vui lòng sử dụng lệnh sau để cài đặt suôn sẻ.

pip install pycirclize

Install conda-forge package 

Tạo biểu đồ Chord bằng Python

Biểu đồ hợp âm là lý tưởng để trực quan hoá mối quan hệ giữa các thực thể. Thư viện mã nguồn mở pyCirclize cho phép các nhà phát triển phần mềm tạo biểu đồ hợp âm với màu sắc, nhãn và kiểu liên kết có thể tùy chỉnh trong các ứng dụng Python. Ví dụ sau minh họa cách tạo một biểu đồ hợp âm hiển thị mối quan hệ giữa các thực thể A, B, C và D bằng các lệnh Python.

from pycirclize import Circos
import matplotlib.pyplot as plt

# Define relationships
relationships = [
    ("A", "B", 5),
    ("A", "C", 3),
    ("B", "C", 2),
    ("C", "D", 7),
    ("D", "A", 4),
]

# Create Circos instance
circos = Circos(sectors=["A", "B", "C", "D"])

# Add chords
for source, target, value in relationships:
    circos.link((source, 0, 1), (target, 0, 1), color="skyblue", direction=1, ec="black", lw=1)

# Plot
circos.plot()
plt.show()

Hỗ trợ Heatmap vòng tròn

Heatmap vòng tròn là cách tuyệt vời để biểu diễn dữ liệu theo bố cục dạng vòng. Các nhà phát triển phần mềm có thể sử dụng chúng để hiển thị ma trận hoặc dữ liệu phân cấp trong các ứng dụng của mình. Đoạn mã mẫu dưới đây tạo ra một heatmap vòng tròn bằng dữ liệu ngẫu nhiên. Bạn có thể mở rộng để tạo một ứng dụng cho phép người dùng tải lên bộ dữ liệu của họ và tùy chỉnh heatmap.

import numpy as np
from pycirclize import Circos

# Generate random data
np.random.seed(42)
data = np.random.rand(10, 10)

# Create Circos instance
circos = Circos(sectors=np.arange(10))

# Add heatmap
circos.heatmap(data, cmap="viridis")

# Plot
circos.plot()
plt.show()

Tạo biểu đồ thanh vòng tròn

Biểu đồ thanh vòng tròn là lựa chọn hoàn hảo để trực quan hoá dữ liệu phân loại dưới dạng vòng. Chúng có khả năng tùy chỉnh cao và có thể bao gồm chú thích. Thư viện mã nguồn mở pyCirclize giúp các nhà phát triển phần mềm dễ dàng tạo và quản lý biểu đồ thanh vòng tròn trong các ứng dụng Python. Đoạn mã mẫu dưới đây tạo một biểu đồ thanh vòng tròn hiển thị giá trị cho các danh mục khác nhau. Bạn có thể tích hợp nó vào một ứng dụng để khám phá và báo cáo dữ liệu.

import numpy as np
from pycirclize import Circos

# Generate random data
np.random.seed(42)
data = np.random.rand(10, 10)

# Create Circos instance
circos = Circos(sectors=np.arange(10))

# Add heatmap
circos.heatmap(data, cmap="viridis")

# Plot
circos.plot()
plt.show()

Trực quan hoá dữ liệu Genomic

Thư viện mã nguồn mở pyCirclize đặc biệt hữu ích cho việc trực quan hoá dữ liệu gen trong các ứng dụng Python. Nó cung cấp các công cụ chuyên biệt để trực quan hoá dữ liệu gen, chẳng hạn như bản đồ nhiễm sắc thể, các dải gen và biểu đồ đồng vị. Dưới đây là một ví dụ mã hữu ích cho phép các nhà phát triển tạo biểu đồ vòng đại diện cho các nhiễm sắc thể với kích thước tương ứng của chúng.

from pycirclize import Circos

# Define chromosome sizes
genome = {
    "Chr1": 200,
    "Chr2": 150,
    "Chr3": 100,
}

# Create Circos instance
circos = Circos(sectors=genome)

# Add chromosome tracks
for sector in circos.sectors:
    sector.text(f"{sector.name}", size=15)
    sector.xticks_by_interval(50, label_size=10)

# Plot
circos.plot()
plt.show()