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免费 Python 库用于环形可视化

开源 Python 绘图库用于环形可视化。该库支持创建和弦图、环形热图、环形条形图、雷达图等更多功能。

在不断发展的数据可视化领域，开发者始终在寻找兼具灵活性、易用性和强大功能的工具。pyCirclize 库就是这样一个开源的 Python 工具，使开发者能够以最小的工作量创建惊艳的环形可视化。该库旨在以编程方式创建和管理环形可视化。受 R 包 circlize 的启发，它使开发者能够为基因组、生物学和数据可视化应用制作惊艳的环形图。该库提供直观的 API，用于渲染轨道、热图、链接等，是希望将环形图集成到其应用中的软件开发者的宝贵工具。

pyCirclize 库基于 Matplotlib 构建，具有高度可定制性并兼容其他 Python 可视化工具。以下是使 pyCirclize 成为开发者强大工具的一些突出特性：它可使用可定制的链接和颜色可视化实体之间的关系，以径向布局表示矩阵或层次数据，以圆形格式显示带注释的分类数据，创建染色体图、基因轨道和共线性图，基于 Matplotlib，允许开发者自定义可视化的每个方面，无缝集成其他 Python 库和框架等。软件开发者可以将 pyCirclize 与 Dash 或 Streamlit 等交互式框架结合，创建基于网页的应用，并通过在可视化前高效处理大型数据集来优化性能。

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开始使用 pyCirclize

推荐的 pyCirclize 库安装方式是使用 PyPI。请使用以下命令进行顺利安装。

通过 pypi 安装 pyCirclize 库

pip install pycirclize

使用 conda-forge 安装 Py2pUML 库

Install conda-forge package

通过 Python 创建和弦图

和弦图非常适合可视化实体之间的关系。开源的 pyCirclize 库允许软件开发者在 Python 应用中创建具有可自定义颜色、标签和链接样式的和弦图。下面的示例演示如何使用 Python 命令创建一个显示实体 A、B、C 和 D 之间关系的和弦图。

如何在 Python 应用中创建和弦图？

from pycirclize import Circos
import matplotlib.pyplot as plt

# Define relationships
relationships = [
    ("A", "B", 5),
    ("A", "C", 3),
    ("B", "C", 2),
    ("C", "D", 7),
    ("D", "A", 4),
]

# Create Circos instance
circos = Circos(sectors=["A", "B", "C", "D"])

# Add chords
for source, target, value in relationships:
    circos.link((source, 0, 1), (target, 0, 1), color="skyblue", direction=1, ec="black", lw=1)

# Plot
circos.plot()
plt.show()

圆形热图支持

圆形热图是以径向布局表示数据的绝佳方式。软件开发者可以在自己的应用中使用它们来展示矩阵或层次结构数据。下面的代码示例使用随机数据生成圆形热图。您可以扩展此示例，创建一个允许用户上传自己的数据集并自定义热图的应用。

如何使用 Python 库创建圆形热图？

import numpy as np
from pycirclize import Circos

# Generate random data
np.random.seed(42)
data = np.random.rand(10, 10)

# Create Circos instance
circos = Circos(sectors=np.arange(10))

# Add heatmap
circos.heatmap(data, cmap="viridis")

# Plot
circos.plot()
plt.show()

圆形条形图创建

圆形条形图非常适合以圆形格式可视化分类数据。它们高度可定制，并且可以包含注释。开源的 pyCirclize 库使软件开发者能够轻松在 Python 应用中创建和管理圆形条形图。下面的代码示例创建了一个显示不同类别数值的圆形条形图。您可以将其集成到用于数据探索和报告的应用中。

如何使用 Python 库创建环形条形图？

import numpy as np
from pycirclize import Circos

# Generate random data
np.random.seed(42)
data = np.random.rand(10, 10)

# Create Circos instance
circos = Circos(sectors=np.arange(10))

# Add heatmap
circos.heatmap(data, cmap="viridis")

# Plot
circos.plot()
plt.show()

基因组数据可视化

开源的 pyCirclize 库在 Python 应用中可视化基因组数据特别有用。它提供了可视化基因组数据的专用工具，例如染色体图、基因轨道和共线性图。以下是一个有用的代码示例，允许开发者创建表示染色体及其相应大小的环形图。

如何使用 Python 创建表示染色体的环形图？

from pycirclize import Circos

# Define chromosome sizes
genome = {
    "Chr1": 200,
    "Chr2": 150,
    "Chr3": 100,
}

# Create Circos instance
circos = Circos(sectors=genome)

# Add chromosome tracks
for sector in circos.sectors:
    sector.text(f"{sector.name}", size=15)
    sector.xticks_by_interval(50, label_size=10)

# Plot
circos.plot()
plt.show()
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